'Teori Projek IC' ini merujuk kepada dakwaan selama ini bahawa Jabatan Imigresen dan Jabatan Pendaftaran Negara (JPN) dan lain-lain agensi-agensi kerajaan menjadi sebahagian daripada operasi besar-besaran untuk menambah penduduk Islam di Sabah bagi mengurangkan pengaruh masyarakat Kristian.Teori ini dipopularkan oleh bekas pemimpin Parti Bersatu Sabah (PBS), Dr Chong Eng Leong bahawa umat Islam dari selatan Filipina dan Indonesia diberi kerakyatan Malaysia dan dipujuk untuk mengundi Umno. Perkara ini telah didedahkan dalam buku penulis Mutalib MD dan Dr Chong Eng Leong.[4] Pentadbiran Dr Mahathir melancarkan projek itu untuk "mengimbangi penduduk perbezaan bangsa dan agama di Sabah".Sentimen pemisahan di Sabah pada masa depan dapat dikekang, dan di samping memperkukuhkan undi Umno yang diperlukan bagi menguasai negeri itu.Kabel itu bertarikh 5 September 2008.[5]

Penduduk Sabah :636,431 (1970), 2,449,389 (2000)Penduduk Sarawak :976,269 (1970), 2,012,616 (2000)Penduduk Semenanjung : 10,439,430 (1970) meningkat kepada 22,202,614 (2000)

Komposisi etnik Sabah pada 2006 seperti berikut :

• 25% Bukan warganegara,
• 17.76% Kadazandusun,
• 14.62% ​​Bumiputera Lain-lain,
• 13.4% Bajau,
• 11.48% Melayu,
• 9.6% Cina,
• 4.8% Lain-lain,
• 3.3% Murut.

Selepas BN kembali berkuasa pada 1994, jawatan Ketua Menteri Sabah digilirkan di kalangan Bumiputera Islam, Bumiputera Bukan Islam, dan Cina.Mulai 2005, sistem giliran dihapuskan dan Datuk Musa Aman dari UMNO menjadi KM.Daripada 59 kerusi BN, 32 dimenangi oleh UMNO.

Pada 4 oktober 2011, Chua Soon Bui (Bebas-Tawau) menyatakan daripada 3,206,742 penduduk Sabah hanya 72 % adalah warga negara ini manakala 27.7 % adalah pendatang asing.Beliau merujuk banci Unit Perancang Ekonomi, Penduduk dan Perumahan 2010.[6]

AJK PKR, Dr Chong Eng Leong mahu RCI menyiasat mereka yang telah memperolehi kewarganegaraan melalui cara yang meragukan, hendaklah disemak semula. RCI boleh bertanya kepada keluarga, pemilik restoran, pemilik ladang - sama ada mereka telah menggaji pekerja asing yang kini telah menjadi warganegara bumiputera, semua mereka mempunyai pengalaman ini.Dr Chong pernah mendedahkan Projek IC pada 2006.

Dr Chong mendakwa, penduduk tempatan yang dilahirkan di Sabah meningkat sebanyak kira-kira 120,000 antara 1951 dan 1960 tetapi bilangan pengundi dalam senarai daftar pemilih 1999 bagi mereka yang lahir antara 1952 dan 1960, meningkat sebanyak 150,000.Jika 80 peratus daripada 120,000 itu merupakan pengundi berdaftar, maka pengundi kelahiran Sabah adalah di bawah 100,000.Persoalan ialah lebihan 150,000 dari mana datangnya.Penyelidikan beliau selama 15 tahun dimuatkan dalam buku Lest We Forget -- menganggarkan kira-kira 600,000 pendatang haram diberikan kewarganegaraan bawah projek di Sabah.Mangsa seterusnya ialah negeri yang dikuasai Pakatan Rakyat - Selangor, Pulau Pinang, Kedah dan Kelantan.Projek IC ini dikenali juga sebagai 'Projek Mahathir' yang didalangi Umno ,melibatkan kerjasama beberapa agensi kerajaan, termasuk Jabatan Pendaftaran Negara (JPN) dan ketua-ketua kampung di Sabah. Antara ketua kampung yang terlibat ialah Hasnar Ibrahim. Megat Junid telah berbincang dengan pegawai JPN. Pada 1990-an , Datuk Musa Aman menjadi ketua 'petugas khas' memberi kad pengenalan kepada warga asing.Tujuannya untuk menumbangkan PBS dalam pilihan raya ,yang ketika itu belum menyertai BN. [7]

Konspirasi besar ini melibatkan Ketua Setiausaha Negara, Tan Sri Ahmad Sarji Abdul Hamid, Pengarah JPN Sabah, Sani Adnan serta beberapa pimpinan tertinggi dan di lakukan ketika Malaysia di bawah pentadbiran bekas Perdana Menteri, Tun Dr Mahathir Mohamad sejak tahun 1980 an dan 1990an.[8]

Kadar pertumbuhan penduduk Sabah amat luar biasa.Kadar pertumbuhan Sarawak hanya 1.617 juta pada 2010.Sedangkan penduduk Sabah 2.354 juta pada 2010.Penduduk Sabah adalah dua pertiga penduduk Sarawak, tetapi kini ia menjadi sebaliknya.[9]

Beberapa buku telah ditulis bagi mendedahkan Projek IC ini :

1. Dr Chong Eng Leong - 'Lest We Forget: Security and Sovereignty of Sabah'
2. Mutalib MD